Fue en el año 2005 cuando confluyeron una serie de inquietudes de diversos colectivos de Andorra en relación con la conservación y puesta en valor del patrimonio minero de la comarca dando lugar a la celebración de unas jornadas de homenaje a la figura del minero. A la iniciativa de un minero ya jubilado, Ángel García Cañada, de homenajear a los mineros, en un momento en el que esta profesión estaba desapareciendo sin remisión – en 2005 se cerró la última mina de interior todavía en explotación en Alloza y sólo quedaba ya una mina en Ariño-, se sumó el Centro de Estudios Locales (CELAN) y la Comarca de Andorra-Sierra de Arcos, así como varios mineros ya jubilados, dando lugar a la celebración de las jornadas “El oficio del minero” con una duración de 15 días, en mayo de 2005, que contaron también con el apoyo y la colaboración de las empresas mineras de la zona (ENDESA y SAMCA), los sindicatos (UGT Y CCOO), el Instituto de Enseñanzas Medias Pablo Serrano de Andorra y la Asociación para el Desarrollo del Bajo Martín y Andorra-Sierra de Arcos.
Estas jornadas, aglutinantes de diferentes intereses, fueron el punto de partida y significaron el inicio de los trabajos de recuperación de piezas, herramientas, máquinas, fotografías, etc. y el montaje de una exposición en el Pozo de San Juan pensada para ser temporal; la recuperación y restauración de grandes máquinas utilizadas en las explotaciones mineras y los trabajos de limpieza y ajardinamiento de los alrededores del pozo , así como la mejora de los accesos al mismo.
La mayoría de los elementos expuestos en el museo fueron donados en aquél momento principalmente por ENDESA, y en menor medida por otras empresas mineras y por coleccionistas particulares. Y puestos a punto por un grupo de mineros prejubilados que todavía hoy siguen colaborando con el museo en su mantenimiento, incorporación de nuevas piezas y mejoras en las exposiciones pues el fondo del museo se sigue incrementando día a día.
Debido al éxito obtenido, las instituciones comarcales tomaron conciencia de la importancia de preservar y conservar nuestro patrimonio minero y decidieron que esta exposición que nacía con un carácter temporal se convirtiese en permanente y se empezó a trabajar en mejorarla y ampliarla.
Por ello la Comarca acuerda con ENDESA, propietaria de los terrenos del pozo de San Juan, sede de las jornadas y del futuro museo, su cesión al Ayuntamiento de Andorra; mientras que la comarca se hizo cargo de la gestión tanto de las inversiones para su conversión en museo como de la apertura al público del museo minero, visitable desde las jornadas. Comienzan a partir de ese momento una serie de actuaciones encaminadas a la adecuación del lugar con el objetivo de promover un uso creativo e innovador de las infraestructuras mineras, tanto de las obsoletas como de las que todavía están en producción, para convertirse en espacios para las actividades culturales, de investigación y turísticas, al mismo tiempo que se protege el patrimonio y se le da una nueva vida.